Поселение Кызыл-Кыя было образовано в 1898 г, в 1938 г. Кызыл-Кия присвоен статус города, в данное время Кызыл-Кия является городом областного значения.
ГЕОГРАФИЯ. Город расположен в северо-восточной части Баткенской области, на пересечении автотрасс Ош-Сулюкта и Ош-Фергана, на расстоянии 150 км юго-восточнее областного центра города Баткен; в 86 км юго-западнее города Ош и в 39 км юго-восточнее областного центра города Фергана Республики Узбекистан.
Автотрасса Ош-Сулюкта проходит через райцентры Ноокатского, Кадамжайского, Баткенского, Лейлекского районов и частично через территорию Ходжентской области Республики Таджикистан. Кызыл-Кыя также связан автодорогой с городом Андижан Республики Узбекистан, проходящей через районные центры Мархабатского и Кувасайского районов Андижанской области................